De parelstuifzwam is 3 tot 8 cm hoog en heeft de vorm van een omgekeerde peer. De witte kleur verandert geleidelijk aan naar bruin. De hoed en de bovenkant van de steel zijn met dicht opeenstaande wratten bezet, die gemakkelijk kunnen worden weggewreven. Het vlees is bij jonge exemplaren wit, later verkleurend van geel naar olijfbruin. Het vlees wordt omgevormd tot sporen die dan ook olijfbruin zijn.